Eu comecei por guardar peças em caixas de sopa, das redondas dos "take-away", em caixas de gelado (tipo Carte D'or), e ainda hoje continuo a usá-las, mas já não para as peças que pretendo ter à disposição para MOCs.
Depois passei a comprar caixas com divisórias, das que se usam para ferragens e afins.
O que tenho preferido recentemente é usar módulos com gavetas, que é o que prefiro para ter as peças mais acessíveis, especialmente porque as gavetas saem do móvel que as contém, e posso ter mesmo à mão meia dúzia de gavetas que contenham as peças que mais vou necessitar.
A verdade é que quando a quantidade peças começa a ser elevada, as gavetas tornam-se pequenas, e lá volto eu às caixas de sopa e de gelados.

Também tenho algumas caixas mesmo LEGO, sendo que umas eram parte integrante de algum conjunto, e 2 são cabeças maxifig LEGO.
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http://www.brickshelf.com/gallery/Morty ... nch_09.jpg[/img]
Suponho que os que se preocupam imenso com a conservação das peças, prefiram guardá-las em saquinhos para proteger do pó, e em caixas opacas para não apanharem luz, mas se eu guardasse LEGO assim, era mesmo para ficar guardado. Como prefiro genericamente dar-lhe uso, gosto mais das gavetas e mesmo em caixas, prefiro transparentes para ver logo o que lá vai dentro. Só tenho mesmo alguns veículos city montados e guardados dentro de caixas.
Como tenho planos para ir comprando mais alguns módulos SUC ou do estilo, entretanto, ainda não coloquei etiquetas com o desenho das peças em cada uma das gavetas, pois por certo ainda sofrerão alguma reorganização, mas à medida que for tendo gavetas dedicadas de forma definitiva, é o que pretendo fazer.
Uso um módulo para colocar talheres (branco; que se vê na imagem) para colocar temporariamente peças destinadas a montar um set, que me permite fazer alguma separação das peças e por outro lado não as ter a rebolar pela mesa. Antes de ter esse módulo ia à cozinha pedir emprestados alguns tupperwear.
abraço